伊奥尼亚暴动由小亚希腊城邦的上层发动，但波及了城邦的各个阶层。波斯基层统治的脆弱为地方分离主义提供了温床。波斯对暴动地区实施了残酷的报复，不少地区被抢劫一空，众多的人口被掳掠到巴比伦等地。但战后波斯也开始改善对希腊地区的统治。在波斯主持下，伊奥尼亚各邦签署协议，停止相互间的武装劫掠，协商解决争端；重新丈量土地，并依据新的土地面积规定了贡金数额，税额与暴动之前一样[34]。暴动失败强化了波斯在东地中海的存在，战后波斯占领了赫勒斯滂海峡欧洲一侧的领土，并与巴尔干半岛上的希腊城邦发生了直接联系，波斯与希腊世界的冲突在更大的范围内展开了。
[1] V.B.Gorman，Miletos，the Ornament of Ionia：A History of the City to 400 B.C.E.，Ann Arbor，2001，p.90.